小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家，于是由双叶镇出发展开路程。在其后，小智的同伴小刚归队，二人邂逅了小光。自此，三人一同结伴旅行。几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，首次参加便晋级至决赛，但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败某女路人，第3回战(16强)打败考平，8强更打败真司，可是他无法势如破竹而在准决赛惨败于达克多，4强出局。神奥之旅随着神奥联盟结束而来到尾声，小智及小刚曾邀请小光一同前往关都地方，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地方。翌日日出后，小智和小刚回到关都地方，在往真新镇及尼比市的分叉路口，小智和小刚握手及互相祝福对方后正式告别。小智和皮卡丘终于看见真新镇，他们跑进返回真新镇前的最后一段路，神奥之旅正式划上句号。
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原创影评
当指尖划过屏幕，那些毛茸茸的宝可梦精灵跃入眼帘时，童年的记忆如同被月光唤醒的潮水般涌来。这一季将镜头对准了神奥地区，小智裹着白色围巾的身影在雪原上奔跑，皮卡丘电力十足的尾音划破天际，瞬间把人拉回那个相信“梦想与勇气”的纯真年代。导演用近乎固执的细腻笔触，让每根草叶的颤动都藏着伏笔，每个道馆挑战赛的鼓点都能敲碎成年人的心防。
竹内顺子的声线像淬火的利刃，将小智从莽撞少年淬炼成战术大师的过程演绎得丝丝入扣。当宿敌真司的龙王蝎掀起风暴时，两位训练家隔着屏幕迸发的张力几乎能撕裂次元壁——没有冗长的嘴炮，只有宝可梦指令间刀光剑影的博弈，这才是热血漫改应有的打开方式。编剧甚至给足诚意：火箭队三人组不再是单纯的搞笑役，武藏对着镜子练习微笑的侧写，让这个反派组织有了令人心酸的烟火气。
真正震撼的是华丽大赛舞台，镜头切换如行云流水，美纳斯甩动尾巴溅起的水花折射出彩虹，帝王拿波振翅时掀起的气流卷走所有阴霾。这些画面不只是技术力堆砌，更是对“伙伴羁绊”最诗意的注脚。当小智的蜥蜴王在暴雨中抓住即将坠落的木守宫，你忽然明白制作组想讲的从来不是收集徽章的老套故事，而是关于信任如何跨越物种界限的寓言。
当然完美并非无缺，闪焰团阴谋线收束仓促得像是被快龙一发破坏光线击碎的玻璃，但瑕不掩瑜。片尾曲响起时，基格尔德化作绿色流光消失在天际，留下观众和成长的小智一起仰望星空。或许这就是宝可梦系列的魔力，它永远能用最简单的叙事叩击最复杂的人性褶皱，让我们在像素构成的童话里，找到对抗现实疲惫的勇气。