自全人类被神秘现象瞬间石化之后，已过去了几千年——千空，一个有着超越常人的头脑，彻头彻尾的科学少年醒来了。面对着文明已经灭绝的石之世界，千空决心以科学的力量重建地球，他找来了同伴，建立起了“科学王国”。但是，他们碰上了由灵长类最强高中生狮子王司统领的“武力帝国”。司为了净化人类，决心以强大的武力，阻止科学的发展。经过科学与武力的大战，千空等人的科学王国取得优势，两国最终和解。司因为背叛而陷入了冷冻睡眠状态，而千空为了复活全人类，决心率领科学王国前往石化光线的产生地——地球另一头的新世界。迈向全世界，解开石化之谜！石世界的大航海时代终于拉开了序幕！
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原创影评
《Dr.STONE石纪元》第三季将观众带入一个更为广阔的科幻冒险舞台，在这里，科学与文明的重建不再是简单的技术堆砌，而是成为了一场关于人性、信仰与未来的深刻探讨。千空，这位拥有超凡智慧的科学少年，他的每一次实验、每一次推理，都不仅仅是知识的展示，更是对未知世界无尽好奇与探索精神的体现。他的角色表演充满了坚韧不拔与乐观向上的精神，让人在紧张刺激的剧情中也能感受到温暖与希望。
而司的回归，则为这场科学对决增添了更多复杂情感色彩。作为曾经的对手，司的立场与千空形成了鲜明对比，他的选择与行动不仅推动了剧情的发展，更引发了观众对于权力、理想与道德边界的深思。两人之间的对手戏，既有智斗的火花四溅，也有难以言喻的情感纠葛，使得整个故事层次更加丰富多元。
叙事结构上，《Dr.STONE石纪元》第三季采用了多线并进的手法，既展现了科学王国内部的研发进程，又深入描绘了外部世界的威胁与挑战。这种叙述方式不仅保持了故事的紧凑感，还巧妙地穿插了角色之间的情感交流与成长轨迹，让观众在跟随主角们一同面对困难的同时，也能见证他们内心的蜕变与成熟。
主题表达方面，本季动画深刻探讨了科学的力量与人性的光辉。在重建文明的过程中，千空和他的伙伴们不仅要克服技术上的难题，还要面对来自社会、伦理等方面的挑战。动画通过一系列事件告诉我们，真正的进步不仅仅依赖于科学技术的发展，更重要的是人类自身的觉醒与改变。这一主题既是对现实世界的一种隐喻，也是对未来可能性的美好憧憬。